W związku z wejściem w życie USTAWY z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie niektórych ustaw w związku z wdrażaniem funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności zmieniona została min. Ustawa z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 249, poz. 2104, z późn.zm.6) w zakresie art. 209 ust. 3, który otrzymał następujące brzmienie:

„Przepis ust. 2 pkt 6 nie ma zastosowania do beneficjenta dotacji rozwojowej będącego jednostką sektora finansów publicznych albo fundacji, której jedynym fundatorem jest Skarb Państwa, a także do Banku Gospodarstwa Krajowego.”

Powyższe spowodowało, iż podmioty wymienione w art. 209 ust. 3 nie mają obowiązku stosowania się do treści art. 209 ust. 2 pkt 6, który to nakłada na Beneficjentów dotacji rozwojowych obowiązek ustanawiania zabezpieczeń należytej realizacji Umowy.

W związku z powyższym jednostki sektora finansów publicznych albo fundacja, której jedynym fundatorem jest Skarb Państwa, a także Bank Gospodarstwa Krajowego będący Beneficjentami dotacji rozwojowej w Ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Warmia i Mazury na lata 2007-2013 nie mają obowiązku składania zabezpieczenia należytego wykonania Umowy. Wszelkie przepisy regulujące kwestie zabezpieczeń prawnych należytej realizacji Umowy (zawarte min. w Umowie o dofinansowanie projektu, Wytycznych IZ dotyczących prawnych zabezpieczeń), w odniesieniu do ww. podmiotów nie będą miały zastosowania.